El Registro de Aguas es un Registro Público, en el que se inscriben los derechos al uso privativo de las aguas, adquiridos por sus titulares por disposición legal o concesión administrativa.
La inscripción en el Registro de Aguas, constituye medio de prueba y situación de la existencia del derecho, pudiendo solicitarse a la Confederación Hidrográfica del Duero, las oportunas certificaciones sobre su contenido.
A partir de la entrada en vigor de la Ley de Aguas, y actualmente conforme lo establecido en el Texto Refundido de la Ley de Aguas, aprobado por Real Decreto Legislativo 1/2001, de 20 de julio, los Organismos de cuenca son los encargados de llevar un Registro de Aguas, en el que se inscriben de oficio las concesiones de agua, así como los cambios autorizados que se produzcan en su titularidad o sus características.
El Reglamento del Dominio Público Hidráulico, aprobado por Real Decreto 849/1986, de 11 de abril, desarrolla los criterios a considerar en el Registro de Aguas, e incluye la inscripción en el Registro de Aguas de los aprovechamientos privativos por disposición legal, y los temporales de aguas privadas a que se refiere la Disposición Transitoria segunda y tercera del Texto Refundido de la Ley de Aguas.
El Libro de inscripciones del Registro de Aguas, se agrupa en tres secciones:
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Sección A: concesiones de aguas superficiales o subterráneas, reservas legalmente constituidas a favor de las Confederaciones Hidrográficas, derechos adquiridos por prescripción o por otro título legal, y autorizaciones especiales a que se refiere el artículo 59.5 del Texto Refundido de la Ley de Aguas, y otros aprovechamientos provenientes del Anterior Libro de Registro de Aprovechamiento de Aguas Públicas.
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Sección B: aprovechamientos privativas de aguas públicas por disposición legal (aguas pluviales, pozos y manantiales de hasta 7.000 m/año, situados dentro de la misma finca).
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Sección C: aprovechamientos temporales de aguas privadas, que se acogieron a la Disposición Transitoria de la Ley de Aguas.
De acuerdo con la Disposición Transitoria Sexta del Texto Refundido de la Ley de Aguas, las Confederaciones Hidrográficas deben revisar las características de las inscripciones del antiguo Registro de Aprovechamiento de Aguas Públicas, anteriores a la Ley de Aguas de 1985, para su incorporación al Registro de Aguas.
Así mismo, en las Confederaciones Hidrográficas, se lleva un Catálogo de Aguas privadas, que consiste en un inventario de aprovechamientos de aguas calificadas como privadas por la Ley de Aguas de 1879, cuyos titulares optaron por mantenerlas en tal régimen, y no optaron por su inclusión en el Registro de Aguas.