El control biológico es una valiosa herramienta complementaria de las redes de control fisicoquímico ya establecidas (red ICA y estaciones automáticas de Alerta, básicamente). Los análisis fisicoquímicos son más precisos en valor absoluto y proporcionan más información sobre la fuente contaminante, pero la información que proporcionan es parcial, al limitarse únicamente a los parámetros efectivamente controlados (que nunca podrán ser todos) y válida, únicamente, para el momento de la toma de muestra. Frente a ello, el control biológico proporciona una visión integral y extendida en el tiempo sobre la calidad del agua.
Desde la entrada en vigor de la Directiva 2000/60/CEE o Directiva Marco del Agua (DMA) se utilizan diferentes indicadores biológicos para evaluar la estructura de las comunidades biológicas de la masa de agua, como son los macroinvertebrados, los peces, los macrófitos y las algas (fitobentos o fitoplancton, dependiendo de los ambientes). Estos indicadores, junto con aquellos que evalúan el estado del bosque de ribera, la morfometría y morfodinámica de los sistemas, la variedad de hábitats presentes y las variables fisicoquímicas, permiten estimar el estado ecológico de la masa de agua.
Los índices más usados en la cuenca del Duero son los siguientes:
- Para la fauna bentónica de invertebrados se utiliza el IBMWP - Iberian Monitoring Working Party-,
- Para las algas diatomáceas (fitobentos), el IPS - Índice de Poluosensibilidad Específica-,
- Para determinar el estado del bosque de ribera, el QBR - Calidad del bosque de ribera –,
- Para el estudio de los diferentes hábitats del cauce, el IHF - Índice de Hábitat Fluvial-.
Todos estos índices se dividen en diferentes clases de calidad del agua según el valor numérico obtenido, permitiendo así, distinguir entre aguas de muy buena calidad, buena, moderada o aceptable, mala y muy mala. Por ejemplo, el IBMWP, que es el que aparece en los mapas de calidad de este apartado, se clasifica como sigue:
| Clase de Calidad |
Puntuación Índice BMWP |
| Muy buena |
> 150 |
| Buena |
101-150 |
| Aceptable |
61-100 |
| Deficiente |
36-60 |
| Mala |
< 36 |