Este control se realiza en aquellas estaciones cuyos tramos asociados tienen captaciones destinadas al abastecimiento de poblaciones mayores de un determinado número de habitantes. El cálculo de la aptitud prepotable se realiza de acuerdo con lo estipulado en las Directivas 75/440/CEE y 79/869/CEE, relativas a la calidad y métodos de medición, frecuencia de muestreos y del análisis de las aguas superficiales destinadas a la producción de agua potable. La frecuencia de muestreo depende de la población abastecida y del objetivo de calidad asignada a las aguas, y puede oscilar entre 1 y 12 muestras al año. A su vez, según sea el caso, en cada muestreo se analizarán un mayor o menor número de parámetros.
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