El control biológico de los embalses se realiza evaluando los diferentes organismos o comunidades biológicas que forman parte del ecosistema. El funcionamiento ecológico de un embalse, aún tratándose de un río modificado, se asemeja más al de un lago. Durante el año 2006, los datos recogidos sobre estas comunidades han sido los siguientes: composición, abundancia, biomasa y concentración de clorofila a del fitoplancton, así como composición, abundancia, estructura de edades y presencia de taxones sensibles de la fauna piscícola.
CAMPAÑAS
Al igual que en ríos, y siguiendo el enfoque ecológico de la DMA, se pueden diferenciar dos subcampañas: Vigilancia y Operativa. Durante el año 2006 se han estudiado un total de 44 embalses. En el 2007 solamente se muestrearán aquellos embalses que, debido al riesgo de incumplir los objetivos medioambientales, se se encuentren sometidos a control operativo. Ver mapa 10 (embalses campañas 2006).
El estudio realizado durante el año 2006 ha consistido en 2 campañas, una en primavera y otro en verano y los indicadores biológicos evaluados han sido el fitoplancton y los peces.